2009年12月28日，南通港口集团与苏农集团签订了战略合作协议。根据协议南通港口集团与苏农集团将进一步发展全面、长期的战略合作关系，实现双赢发展。

　　南通港口集团作为国家一类对外开放口岸及上海国际航运中心组合港成员，贸易辐射面广，尤其在农资、农副产品的中转装卸方面，具有长期的操作经验和齐全的装卸设备，在长三角港口中具有独特优势。 苏农连锁集团作为江苏农资流通和全省供销社农资供应服务的龙头企业，在全省粮棉主产区建立了近2000家农资连锁店，农资连锁服务的触角遍及全省各地，初步形成了全省最大的农资连锁龙头企业的网络优势。随着苏农的发展，进江中转的化肥及其他物资进出口中转量逐年增加，迫切需要有一个稳定的进江中转基地，以完善物流体系。

　　从2008年初开始，因世博会上海港暂不接卸散货化肥，南通港接货量迅速增大。为了帮助苏农解决上海港暂不接货的困难，2009年以来，南通港为苏农集团已接运化肥22万吨，近期还有7万吨到港，全年累计接运量达30万吨。

　　此次战略合作协议签订，港口集团与苏农集团将进一点加强合作，扩大合作范围，提升合作层次。苏农集团充分利用南通港的码头资源，为其提供稳定的货源，南通港提供优质的装卸中转服务，优先中转货物作业。双方还将建立高层人员会晤机制，建立有效的工作联系制度，及时协调解决重大问题；业务部门建立日常工作联系制度，及时沟通、协调和处理好日常问题。