为进一步贯彻落实国资委批复的《重组方案》，在重组组建一年后，中国煤炭科工集团开始对集团公司重要三级子企业实施扁平化管理，并对组织架构进行了调整，将17户重要三级子企业调整为煤炭科工集团二级子企业。至此，煤炭科工集团管理的二级子企业从原来的中煤国际、煤科总院、天地科技3户增加到了20户，同时大幅减少了管理层级。通过实施扁平化管理，中国煤炭科工集团压缩了管理层级，并为进一步深度重组和实现股份制改造奠定了基础。